Deaktivierte Erweiterungen verlieren keine Einstellungen. Wenn du die Erweiterung zwischenzeitlich deinstalliert und wieder neu installiert hast, dann natürlich, dann sind deine Daten weg. Aber wer einfach nur gewartet oder manuell den Fix eingespielt hat, hat auch keinen Datenverlust.
Doch, mit Multi-Account Containers ist es definitiv so, wohingegen meine anderen Erweiterungen deren Einstellungen behalten haben. Ich habe es dank Time Machine-Sicherungen gerade mehrmals nachstellen können (auf einem MacBook Pro unter Mojave 10.14.4).