Ich benutze mehrere portable Versionen des Firefox, die üblicherweise mit der "MultipleFirefoxLoader.exe" von "caschy" gestartet werden.
Vielleicht hängt es damit zusammen
Das hast du genau richtig erkannt, denn es liegt in der Tat mit der Verwendung einer Portablen Firefox Installation als Standard-Programm zusammen.
In einer solchen Konstellation wird beim Öffnen des PDF-Dokuments (ausser dein Portabler Firefox sollte schon geöffnet sein) dein Firefox nicht mittels des Launchers bzw. mittels dem "MultipleFirefoxLoader" gestartet werden, weswegen dieser bei Windows standardmässig sein Firefox-Profil im Verzeichnis %appdata%\Mozilla\Firefox\Profiles suchen und starten wird, anstelle des Profils innerhalb des Ordners deiner Portablen Installation.
Aufgrund dieser Tatsache ist es auch wichtig, dass ein Portabler Firefox immer mittels seines entsprechenden Launcher/Loaders gestartet wird, so dass die Funktion einer portablen Software überhaupt gewährleistet werden kann. (unter anderem wird das Standard-Verzeichnis des Benutzerprofils umgeschrieben)
Das oben genannte Problem kannst du dabei auf zwei Formen umgehen:
Du setzt entweder ein installiertes Firefox als Standard-Programm bei Windows ein, wo du solche Probleme nicht hast. Oder aber du editierst die profiles.ini (innerhalb vom Verzeichnis %AppData%\Roaming\Mozilla\Firefox) und änderst dort das Verzeichnis deines Standardprofils auf dasjenige Verzeichnis des Portablen Firefox, so dass auch ohne den Loader immer das richtige Profil gestartet wird.
Das Ganze hatte ich schon in einem anderen gleichgelagerten Thema schon erklärt gehabt mitsamt der Erklärung zur Anpassung der profiles.ini
Siehe dazu hier ▶ RE: Firefox und Thunderbird