Hallo.
Um zur Frage zurückzukommen, momentan lade ich weniger herunter, aber ich hatte selbiges "Problem" auch Jahrelang.
Meine Vermutung war schlussendlich das es zwei Ursachen haben könnte:
1. (Vermeintlich) Unterschiedliche Dateitypen. Was für einen selbst ein einziger Dateityp zu sein scheint, ist für Firefox durch fehlerhafte (?) MIME Typ Angaben auf der Seite etwas anderes als der Download zuvor, und wird anders behandelt.
2. Verschiedene Download Server. Nur weil die Download Links auf der selben Seite stehen, können die Dateien selbst ja auf ganz verschiedenen Seiten/Servern vorliegen.
Als Fx noch das alte Erweiterungssystem hatte, nutze ich deswegen eine Erweiterung die mir direkt im Downloaddialog eine Auswahl an Verzeichnissen anzeigte.
Da für mich momentan nicht wirklich Relevant, kann ich leider nicht sagen ob es da noch etwas in der Art gibt, aber du kannst ja mal die Erweiterungsseite durchstöbern.