Ich habe dasgleiche Problem. FF merkt sich nur diese Einstellung "PDF-XChange viewer (in Firefox) verwenden" nicht.
Ich habe die FF-Hilfe http://support.mozilla.com/de/kb/Einstell…in&browser=fx35
gelesen.
In meiner Datei users.js finde ich nichts, was auf  den PDF-XChange viewer (in Firefox) verweist. 
Die Datei prefs.js ist nicht schreibgeschützt. 
Woran kanns noch liegen oder was mache ich falsch?
Ich habe Win7 32-bit und FF 7.0.1