Nautilus im Root-Modus kannst du im Terminal via: gksudo nautilus starten. Nicht "sudo nautilus"!
Edit: Sehe gerade, ab Ubuntu 17.10 ist das nicht mehr möglich (Sorry, ich nutz das nie).
Alternative hierzu wäre sudo -s und anschließend nautilus starten.
Dringend empfohlen, aus Sicherheitsgründen, wenn man mit seinen Arbeiten fertig ist, ein Abmelden von Root via exit im Terminal.