Wenn die user.js auch dann noch angelegt wurde, nachdem du die exe-Datei gelöscht hast, liegt es an etwas anderem. Auf jeden Fall müsste auch die Registry erforscht werden.
Aber für heute sage ich dir erst einmal Gute Nacht. Nach einem zeitlichen Abstand morgen kommen vielleicht neue Ideen.
Also Gute Nacht!