So habe ich es jetzt gemacht.
Ich habe meine Geräte vom alten Sync getrennt und ein neues Konto für den neuen Sync registriert.
Der Bookmark Deduplicator hat gut funktioniert, man muss nur die leeren Ordner manuell löschen. Es wurden über 60.000 Lesezeichen entfernt!!!
Jetzt habe ich auch einen Verdacht, wer der Schuldige ist. Apples iCloud-Lesezeichen war bei mir installiert um die Lesezeichen von Firefox auch im Safari-Browser nutzen zu können. Dieses Addon habe ich sicherheitshalber deinstalliert.
Ich hoffe, das war die Lösung.
Lieber Sören, vielen Dank für die Hilfe!