Mach Dich zunächst auf die Suche nach Deinem Profilordner:
http://www.firefox-browser.de/wiki/Profilordner
Solltest du hier eine Datei user.js finden (die hast Du dann selbst angelegt), editiere sie mit einem beliebigen Editor und schau nach, ob dort Einträge zu about:config-Werten gemacht wurden. Wenn dem so ist, musst Du auch diese löschen, wenn Du sie unter about:config löschst. Grund: Der Inghalt der Datei user.js überschreibt bei jedem Fx-Start die Werte, die in der Datei prefs.js stehen (dies sind die, die Du mit about:config einstellst).
Hast du gar keine Datei user.js, überprüfe, ob die Datei prefs.js schreibgeschützt ist (Rechtsklick und Eigenschaften), wie von loshombre empfohlen.
Alexander