Ja, das kann sein, siehe Beitrag 63:
In Tabs, die zugleich mit einem Fenster geöffnet werden (also jeweils mindestens einer), wird die Whitelist möglicherweise nicht berücksichtigt.
Ich weiß keine Möglichkeit, das zu verhindern. Wenn das Popup in einem neuen Tab statt einem Fenster geöffnet wird, geschieht das nicht.
Hast du eine Beispielseite?