Ich habe die Befürchtung, das du richtig liegst was die Intelligenz der Tools angeht. Mozbackup kann zwar das Backup einer fest installierten Version einer portablen Version zuordnen - umgekehrt kann es natürlich kein Backup eines portablen Firefox machen (auch wenn das nicht nötig wäre). :roll:
Was kann so ein Starter wie der von http://portableapps.com was Firefox selbst nicht kann? Ohne Starter geht es offensichtlich nicht. Das Verzeichnis mit dem Profil wird Firefox vom Portable-Apps-Starter übergeben. Eine profiles.ini im Firefox-Verzeichnis hat demnach anscheinend keinen Einfluß darauf.
Das Problem mit dem bereits laufenden aber nicht reagierenden Firefox konnte ich trotz deiner Links nicht lösen. Ohne den Wert von AllowMultipleInstances in der FirefoxPortable.ini (im Verzeichnis des PortableApps-Starters) auf true zu setzen, geht es anscheinend nicht.
Wäre nett, wenn man FF zwingen könnte, .ini-Dateien zu benutzen.