Hi Stefan,
hast Du schon versucht, die Einstellungen über die prefs.js vorzunehmen?
Jedenfalls sind das für mich zentrale Systemeinstellungen, die in die prefs.js gehören... Hab das bei uns ebenso gelöst - und es funktioniert sauber!
Bin mir nicht sicher, aber die Einstellungen in der prefs.js überschreiben glaube ich die Einträge der User.js. Oder war es umgekehrt? Jedenfalls habe ich mich vor langer Zeit für diesen Weg entschieden (nach eingehender Lektüre)...