Was ich damals nicht beachtet hatte, war, dass ein Löschen der user.js nicht auch gleichzeitig die durch sie hinzugefügten Einstellungen löscht. Hab ich dann händisch bereinigt.
Das liegt daran, dass die user.js Vorrang vor der prefs.js hat. Die user.js ist ja nicht per se schädlich, sondern soll einem Nutzer die Möglichkeit geben, benutzerdefinierte Einstellungen festzulegen. Andernfalls würden diese Einstellungen immer wieder von der prefs.js überschrieben. Das erfordert aber auch, dass der Benutzer auch weiß, was er da tut. Manche finden irgendwelche Inhalte für die user.js im Internet und übernehmen die einfach, ohne zu wissen, was diese Einstellungen eigentlich bewirken. Das kann zumindest zu Irritationen führen, aber auch zu mangelhafter Sicherheit, wenn z. B Updates unterdrückt werden.