Danke für den Tip, allerdings habe ich gerade durch Ausschlussverfahren schon die Lösung gefunden. Vielleicht hilft es noch anderen:
Für die Wiederherstellung muss man auch die Datei "prefs.js" in den neuen Profil Ordner kopieren, jetzt sind alle Einstellungen des Classic Theme Restorer wieder vorhanden.
Zusammenfassend also:
Der komplette Ordner "extensions"
Die Datei "extensions.ini"
Die Datei "extensions.json"
Die Datei "prefs.js"