Lesezeichen werden in der Datei bookmarks.html gespeichert, die im Profilordner liegt:
http://www.firefox-browser.de/wiki/Profilordner
Schau am besten zuerst dort einmal nach, was für bookmarks-Dateien dort zu finden sind. Vor allem prüfe bitte, ob Du mehrere Profilordner hast.
Allgemein ist zu Lesezeichehproblemen zu sagen, dass es anscheinend ab und an exotische Situationen gibt, in denen Lesezeichen tatsächlich verschwinden. Mir selbst ist das allerdings nie passiert. Es empfiehlt sich aber mit der Erweiterung Bookmark Backup vorzusorgen:
http://www.erweiterungen.de/detail/42/90
(sichert übrigens nicht nur Lesezeichen)
Dein anderes Problem, solltest Du der Übersichtlichkeit halber im urprünglichen Thread weiter diskutieren (soweit es noch nicht gelöst ist).
Algemein solltest Du bitte immer Angaben zur Fx-Version, zu eingesetzten Erweiterungen und zum OS machen.
Alexander