Sind das auch wirklich Popups, die vom Firefox kommen?
Oder haben die zufällig ein "Microsoft Internet Explorer" in der Menüleiste stehen? Irgendwie klingt das stark danach, als hättest du dir irgendwelche Werbedinger eingefangen.
Stimmt im IE deine Startseite noch?
Ansonsten würden wir uns über ein paar Links und evtl. Screenshots freuen, so ins blaue zu raten ist immer schwierig.