Ja, so habe ich es gemacht und nun läuft alles wieder. Danke für die Hilfe!
Aber es liegt wohl nicht alleine am KIS 2016, im Netz kursieren einige Probleme mit den neuen Updates.
Seltsam ist, dass sich über "Updates deinstallieren" Update KB3140743 löschen lässt, Update KB3139907 aber nicht!