Also ich habe ein ziemlich seltsames Problem, dass auch schwer zu beschreiben ist. Deshalb habe ich auch nichts dazu gefunden.
Ich habe Ubuntu 9.04 und Firefox hat sich eben geupdatet, allerdings habe ich dann noch nicht neugestartet.
Dann wollte ich einen Link aufrufen, der wie ich betonen möchte vertrauenswürdig ist (war ein Verweis eines Uniprofessors auf eine Seite zur Anmeldung für eine Prüfung) und ich somit irgendein bösartige Skript für eher ausgeschlossen halte.
Nachdem ich den Link aufgerufen habe hat sich ein bis auf ein absolutes Minimum reduziertes Fenster (war nur noch etwa 1 cm²gross auf dem bildschirm) geöffnet, das ich wenn ich es auseinandergezogen habe, mit dem Kreuzchen schliessen konnte. 
Dann ist der Browser abgestürtzt.
Und jedes Mal, wenn ich ihn wieder öffne, erscheint diese Mini-Fenster (auch mehrfach) zusätzlich zu einem normalen Firefox Fenster.
In diesem Fenster ist allerding die komplette Kommandoleiste (zurück, vor,...) passiv und nciht anwählbar. Ausserdem werden keine Lesezeichen mehr angezeigt und sobald ich eine Adresse eingebe und enter drücke, erscheint nur nochmal dieses ominöse Minifenster.
Ich habe keine Ahnung, ob das jetzt an der neuen Version lag oder vielleicht an irgendeinem Element auf der Website mit dem Firefox oder vielleicht Ubuntu nicht klar kommt. Ich habe dann probiert Firefox komplett neuzuinstallieren, aber es ändert sich dann ncihts an dem oben beschriebenen Zustand.
Für mich sieht es eher wie ein Firefoxproblem als ein Ubuntuproblem aus, deshalb melde ich mich zuerst mal hier.