Ich konnte keine vernünftige Ursache dafür finden, auch mit Firebug nicht. Anscheinend handelt es sich hier um einen Fehler in der Rendering-Engine. Nicht nur der IE, sondern auch Opera zeigt die Linie nämlich nicht an. Da nirgendwo die Hintergrundfarbe schwarz definiert wird (oder habe ich etwas übersehen?), kann es auch nicht sein, dass aufgrund falsch gesetzter Randbreiten etwas "durchschimmert".
Das Problem ist allerdings, dass diese Seite die Engine auch arg strapaziert (was den von mir vermuteten Bug nicht entschuldigt, aber erklärt). Bei dieser Suppe aus Framesets und Sub-Framesets ist es schwierig, durchzusehen. Mein Tipp wäre hier, die Seite nochmal neu zu gestalten. Wenn du einen mittig ausgerichteten Frame haben und unbedingt mit Frames anstatt mit DIVs arbeiten willst, kannst du das sehr einfach über einen einzelnen IFrame realisieren. Deine jetzige Lösung ist nicht nicht nur umstndlich und wahrscheinlich auch schwer zu pflegen, sondern auch die Suchmaschinen werden sich daran die Zähne ausbeißen und sie ist auch nicht die Spur barrierefrei.