Gib bitte mal eine Beispiel Seite an. Vermutlich ist es eine speziell an IE angepaßte Seite, die sich nicht an Standards hält.
Was das Problem mit Links in Mails betrifft, dazu in den Internetoptionen einstellen mit welchem Programm Internetseiten geöffnet werden sollen, falls FF deinstalliert bleiben soll.