Also die Proxy-Voreinstellungen find ich in der Datei:
/usr/share/firefox/greprefs/all.js
Diese musst du eben verändern und auf allen Systemen immer syncronisieren. Ich würde das z.B. mit einem kleinen Skript beim booten des Rechners machen, oder mit einem Cron-Job. Mit Linux-Bordmitteln ist das in 2 Minuten erledigt.