Ich habe genau dasselbe Problem. Und wie mir scheint, tritt das auch erst auf, seitdem ich die Version 1.5.0.2 installiert habe. Vorher kannte ich diesen merkwürdigen Fehler gar nicht.
Auf die Tabs möchte ich nicht unbedingt umsteigen, weil ich gerne jede aufgerufene Seite in einem eigenen Fenster hätte. Zum einen bin ich es so gewohnt, zum anderen finde ich es auch übersichtlicher, da man in der Taskleiste schnell wechseln kann.
An Erweiterungen habe ich übrigens nur
DOM Inspector (1.8.0.2)
Talkback (1.5.0.2)
IDN Info (0.6.5)
Den Tipp mit Strg+N werde ich mal versuchen, wobei ich neue Fenster eigentlich gewohnheitsmäßig immer über die Schnellstartleiste öffne. Der Mensch ist halt ein Gewohnheitstier 
... deshalb fände ich es doch ganz gut, wenn dieser "Bug" irgendwie beseitigt werden könnte.