Danke für die Antworten, das wars noch nicht, aber wir kommen der Sache schon näher.
Keine schreibgeschützten Dateien (das hatte ich schon gecheckt) und alle Berechtigungen.
Was mir aufgefallen ist: Unter Dokumente und Einstellungen/"User"/Anwendungsdaten/Mozilla/Firefox/Profiles/default.ncz ist die Datei prefs.js mehrfach (indiziert) vorhanden.
Ich habe prefs.js gelöscht und prefs-12.js umbenannt in prefs.js
Nach einem Neustart von Firefox waren meine geänderten Einstellungen plötzlich da.