Als mein anderes Profil mit ~35.000 Lesezeichen und auch den unterschiedlichsten Seiten in einem Ordner, bis zu 300/400 Stück, aber da wird nichts langsamer. Momentan lese ich hier öfters Probleme mit der Favicon-Datenbank, auch wenn ich davon wohl nicht betroffen bin, in keinem meiner Profile.
Mehrere Gedankenansätze
a) Favicon-Datenbank = defekt
b) Favicon-Datenbank weg/gelöscht, Firefox muss alles neu einlesen
(b) würde es auch aus meiner Sicht eher treffen. Allerdings passt der Linux-Gedanke nicht dazu. Dann aber doch wieder, wenn man ein Profil zwischen Linux und Windows teilt, gar nicht gut, das würde bedeuten, dass auch (a) die Favicon-Datenbank defekt bei dir ist.
Wie das sein kann, musst du dein System fragen, ob mal abgestürzt, oder doch ein Cleaner am Werk, oder ein übereifriges Antivirus. Solange du mit 2GB Ram und nicht all zuviel anderen Anwendungen hantierst, sollte das auch gar nicht auftreten.