Dazu kann ich dir konkret nichts schreibe, allerdings habe ich mir von Gemini eine Antwort als Lesezeichen gespeichert, vielleicht wäre das ein Anfang.
Was Secure Boot angeht, da kann ich dir nur sagen, dass bei allen Rechnern hier genau das deaktiviert ist, weil ich sonst nicht von Stick mit Ventoy booten könnte, und auch da muss ich zT "Legacy" auswählen, weil es sonst verweigert wird. Nicht alle ISO sind UEFI tauglich. Aber das tat dem Gebrauch von Backup-Software und anderen keinen Abbruch.
Bei Dualboot steht ja alles im BCD, entweder wird grub/Linux hinzugefügt, oder Windows, Anleitung hab ich grad nicht parat. Ich hatte mich da auch noch nicht rangetraut.
Rein theoretisch dürfte eine Backup-Software unter dem jeweiligen OS auch nur die aktivierten Partitionen sehen, von Stick spielt das keine Rolle. Da ich eh Backups nur von Stick erstelle, sehe ich hier keine Probleme, auch eine Linux-Partition zu sichern. Ob ein WinPE auch alle möglichen Typen von Linux-Partitionen erkennt, unbekannt.