Was soll der unpassende Zeitpunkt sein? Firefox wird gerade erst gestartet, das passiert nicht mitten in irgendeiner Arbeit. Und dann dauert der Start halt zweimal im Monat jeweils zwei bis drei Sekunden länger. So viel braucht bei mir Chrome sogar ohne Update länger als Firefox zum Starten.
Um die Ausgangsfrage zu beantworten: Nein, man kann nicht einstellen, ob Updates mit dem Start oder Beenden installiert werden. Das ist grundlegende Architektur-Frage und nichts, was als Nutzer-Option Sinn ergeben würde.